Berdirinya Sekolah Tinggi Pastoral Dian Mandala Gunungsitoli dan Prodi Pendidikan Keagamaan Katolik (PKK) tidak dapat dipisahkan dari prakarsa-prakarsa tak kenal lelah yang ditopang oleh kehendak luhur untuk menyiapkan para calon petugas pastoral, katekis dan guru agama Katolik yang terdidik secara intelektual serta memiliki kepribadian luhur serta keterampilan yang memadai agar kelak mampu berkontribusi bagi Gereja dan masyarakat. Maka pada tanggal 20 Desember 2007 Uskup Keuskupan Sibolga menerbitkan Surat Keputusan Pendirian Perguruan Tinggi Nomor: 050/KS-SK/2007, oleh Uskup Keuskupan Sibolga, tentang Pendirian Sekolah Tinggi Pastoral Dian Mandala Gunungsitoli-Nias, Keuskupan Sibolga. Setelah terbit SK pendirian dari Uskup Keuskupan Sibolga maka pemerintah dalam hal ini Direktur Jenderal Bimbingan Masyarakat (Bimas) Katolik menerbitkan izin operasional sebagaimana tertuang dalam Surat Keputusan Direktur Jenderal Bimbingan Masyarakat (Bimas) Katolik Kementerian Agama Republik Indonesia Nomor: Dj. IV/Hk. 00.5/137/2008 tentang Izin Operasional Prodi PPAK Sekolah Tinggi Pastoral Dian Mandala Gunungsitoli, Keuskupan Sibolga. Kedua keputusan penting inilah yang memberi landasan formal bagi keberadaan Sekolah Tinggi Pastoral Dian Mandala Gunungsitoli sebagai Lembaga Pendidikan Tinggi Agama Katolik Program Pendidikan Strata Satu (S1) untuk pengembangan iman Katolik di bidang kateketik dan pastoral di Keuskupan Sibolga.

Berkat penyelenggaraan Tuhan dan kerja sama semua stakeholders maka tanggal 26 Agustus 2008, secara resmi disahkanlah Kemandirian Sekolah Tinggi Pastoral Dian Mandala Gunungsitoli lepas dari filialitas STP-IPI Malang oleh Dirjen Bimas Katolik Kementerian Agama RI yang dijabat oleh Drs. Stef Agus bersama Uskup Sibolga Mgr. Dr. Ludovicus Simanullang, OFMCap  dan Bupati Nias Binahati B. Baeha, SH. Dengan demikian berjalanlah Tahun Akademik perdana bagi mahasiswa baru Sekolah Tinggi Pastoral Dian Mandala Gunungsitoli Tahun Akademik 2008/2009. Bersamaan dengan itu terjadilah peralihan mahasiswa Filial STP-IPI Malang ke Sekolah Tinggi Pastoral Dian Mandala Gunungsitoli secara Otonom.

Pada awal berdirinya yakni tahun 2008 Sekolah Tinggi Pastoral Dian Mandala Gunungsitoli Keuskupan Sibolga belum memiliki Yayasan tersendiri. Oleh sebab itu dibentuk Dewan Pembina Sekolah Tinggi Pastoral Dian Mandala Gunungsitoli oleh Uskup Sibolga yang sekaligus bertugas mempersiapkan berdirinya sebuah Yayasan untuk Sekolah Tinggi Pastoral Dian Mandala Gunungsitoli. Dalam perjalanan waktu, setelah mempertimbangkan segala kemungkinan, Dewan Pembina bersama Pimpinan Sekolah Tinggi Pastoral Dian Mandala Gunungsitoli memutuskan untuk bergabung dengan Yayasan Bukti Bakti Keuskupan Sibolga (YBB-KS) yang sudah ada sebelumnya, yaitu Yayasan yang menaungi Sekolah-Sekolah milik Keuskupan Sibolga dari jenjang SD sampai dengan SLTA. Pada tahun 2012, Sekolah Tinggi Pastoral Dian Mandala Gunungsitoli resmi berada di bawah naungan Yayasan Budi Bakti Keuskupan Sibolga. Bersamaan dengan itu, Pengurus Yayasan Budi Bakti Keuskupan Sibolga mengeluarkan Peraturan Yayasan nomor : 01/KP-YBB-KS/VIII/2012 tentang Pedoman Pengelolaan Sekolah Tinggi Pastoral Dian Mandala Gunungsitoli.

Pada tanggal 29 Agustus 2009 terjadi peresmian dan pemberkatan Gedung Sekolah Tinggi Pastoral Dian Mandala Gunungsitoli oleh Uskup Sibolga Mgr. Dr. Ludovicus Simanullang, OFMCap  bersama Dirjen Bimas Katolik Kemenag RI dan Bupati Nias. Ketua Sekolah Tinggi Pastoral Dian Mandala Gunungsitoli pada periode itu dijabat oleh P. Dr. Marinus Telaumbanua, OFMCap . Mulai saat itu gedung baru Sekolah Tinggi Pastoral Dian Mandala Gunungsitoli menjadi tempat perkuliahan tetap sampai saat ini. Dua tahun kemudian, Sekolah Tinggi Pastoral Dian Mandala Gunungsitoli memperoleh status “Terdaftar” sesuai Surat keputusan Dirjen Bimas Katolik Kemenag RI Nomor: Dj.IV/Hk.00.5/200/2010 tanggal 15 Oktober 2010. Dalam perjuangan untuk terakreditasi oleh BAN-PT, Sekolah Tinggi Pastoral Dian Mandala Gunungsitoli memperoleh perpanjangan izin operasional, yaitu: pada tahun 2012 melalui Surat Keputusan Dirjen Bimas Katolik Kemenag RI Nomor: DJ.IV/Hk.00.5/64/2012 tanggal 21 Mei 2012. 

Tahun 2013 Sekolah Tinggi Pastoral Dian Mandala Gunungsitoli memperoleh hibah Akreditasi melalui Surat Edaran Dirjen Dikti Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan Nomor: 160/E/AK/2013 tentang Status Akreditasi Sekolah Tinggi Pastoral Dian Mandala Gunungsitoli, Keuskupan Sibolga oleh BAN-PT. Tahun 2014 Sekolah Tinggi Pastoral Dian Mandala Gunungsitoli mengajukan usul Akreditasi Prodi PPAK ke BAN-PT dan pada tahun yang sama memperoleh Akreditasi dari BAN-PT melalui SK No: 377/SK/BAN-PT/Akred/S/IX/2014 dengan nilai “C”, berlaku sampai dengan 26 September 2019. 

Pada tanggal 15 Desember 2020 Prodi PPAK kembali mendapat status akreditasi berdasarkan SK BAN-PT Nomor: 8143/SK/BAN-PT/Ak-PKP/S/XII/2020 tentang Pemenuhan Syarat Peringkat Akreditasi Prodi PPAK Sekolah Tinggi Pastoral Dian Mandala Gunungsitoli. Dengan demikian Prodi PPAK berhak meluluskan mahasiswa pada tahun 2020, walaupun tidak tepat waktu. Tahun 2021 status akreditasi Prodi PPAK meningkat dari sebatas pemenuhan syarat menjadi terakreditasi dengan peringkat BAIK berdasarkan SK BAN-PT Nomor: 10932/SK/BAN-PT/Akred/S/IX/2021.

Sebagai sebuah institusi pendidikan tentu Sekolah Tinggi Pastoral Dian Mandala Gunungsitoli memiliki Visi dan Misi. Dalam menyusun dan merumuskan Visi, Misi, Tujuan dan Sasaran Sekolah Tinggi Pastoral Dian Mandala Gunungsitoli melibatkan pemangku kepentingan baik internal maupun eksternal. Kegiatan ini ditujukan agar visi, misi, tujuan dan sasaran menjadi sangat jelas, sangat realistis serta sejalan dan terkait satu dengan yang lain.